Peralejos de Abajo esta directamente relacionado con las repoblaciones efectuadas por los reyes leoneses en la Alta Edad Media, cuando fue fundado. Fue señorío de la Orden de Santiago a la cual quedó ligada por orden del rey Fernando II de León en el siglo XII, manteniéndose en la misma hasta 1873 bajo el obispado de León de Santiago, que encuadraba los territorios leoneses de dicha Orden, pasando entonces, con su disolución por orden papal, a formar parte de la Diócesis de Salamanca.

Con la creación de las actuales provincias en 1833, Peralejos quedó integrado en la provincia de Salamanca, dentro de la Región Leonesa. Antiguamente fue un importante núcleo alfarero, actividad extinguida en la década de 1970 con el fallecimiento del último alfarero de la localidad.